劇情接續上集，描述因高大外牆遭到巨型巨人破壞，艾連一行人受命前往修復城牆以減緩巨人入侵城內獵殺人類的速度，卻在任務過中陷入被巨人無情襲擊的險境。此時，有「人類最強男子」之稱的調查兵團隊長敷島，出現將他們從危機中解救出來，在巨人口中的阿爾敏尚未脫離險境，艾連為救出阿爾敏奮不顧身與巨人搏鬥，卻反而被巨人吞食。就在眾人絕望之際，艾連突然變身謎樣的巨人，開始反擊其他巨人。雖然巨人化的艾連擊退了其他邪惡巨人，讓整個兵團暫時處於安全的處境，然而艾連變身的謎團卻像揮之不去的陰霾籠罩人類一族。